V roku 1888 sa stalo Severné Borneo britským protektorátom, ale administratívne bolo stále v rukách Britskej spoločnosti Severného Bornea. Koruna kontrolovala len zahranično-politické vzťahy.
V rokoch 1890-1905 presunula britská vláda pod správu Severného Bornea aj kolóniu Labuan.
Po skončení 2. svetovej vojny nemala Britská spoločnosť Severného Bornea dosť finančných prostriedkov na obnovu zničenej infraštruktúry a v roku 1946 predala územie do správy britskej vláde spolu s ostrovom Labuan.
Namiesto predošlého úplne zničeného hlavného mesta Sandakan bolo vybraté nové hlavné mesto Jesselton.
V auguste 1963 bola udelená Britskému Borneu samospráva a v septembri 1963 vytvorilo spolu s Malajskom, Sarawakom a Singapúrom federatívnu Malajziu.