Ako prví Európania sa do oblasti okolo ostrova Papua dostali Španieli a Portugalci v prvej štvrtine 16. storočia.
Názov Papua je odvodený od malajského slova popisujúceho melanézske kučeravé vlasy a "Nová Guinea" (Nueva Guinea) bolo meno, ktoré dal ostrovu Španiel Yñigo Ortiz de Retez, kvôli podobnosti ľudí z ostrova a ľudí, ktorých videl počas plavby pozdĺž Guinejského pobrežia Afriky.
Východnú časť ostrova Papua si v roku 1884 rozdelili Veľká Británia a Nemecko.
Juhovýchodná časť niesla názov Nemecká Nová Guinea a severovýchodná časť pod britským vplyvom Teritórium Papua.
Počas prvej svetovej vojny bola nemecká časť okupovaná Austráliou, ktorá zároveň spravovavala britskú časť. V roku 1949 spojila Austrália obe časti do jedného celku s názvom Teritórium Papua-Nová Guinea.
V roku 1975 bola vyhlásená nezávislosť krajiny pod názvom Papua-Nová Guinea.
pozn.: Západná časť ostrova je v súčasnosti provinciou Indonézie a v časoch kolonizácie patrila do Holandskej východnej Indie.